生物信息学数据库有哪些类型(生物信息学中生物数据库的研究进展)

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生物信息学数据库的主要数据类型

生物信息学数据库的主要数据类型有哪些的呢?这些数据的类型估计都是一些讲述生物的种类、特性、生长、发育和再生等。

高通量数据类型主要包括基因芯片和基因测序,我估计你想知道的是具体的内容。

基因组数据库来自基因组作图,序列数据库来自序列测定,结构数据库来自X-衍射和核磁共振结构测定。这些数据库是分子生物信息学的基本数据资源,通常称为基本数据库,初始数据库,也称一次数据库。

分子生物信息数据库的分子生物信息数据库分类

1、根据需要从一级数据库中搜集对象的相关数据集合而成的就是二级数据库。像genebank,EMBL这种都是不加选择的一级数据库,只要是实验获得的,不管什么东西的序列,哪怕是不完整的序列都能上传,而且它们的数据也有可能有重复。

2、DBCat本身也是一个具有一定数据格式的数据库。DBCat按DNA、RNA、蛋白质、基因图谱、结构、文献等分类,其中大部分数据库是可以免费下载的公用数据库。

3、按大小可以分为公共数据库 从公共数据库中取数据做进一步处理的专业数据库,提供更多的分析工具 按功能分可以有 基因库GENEBANK,蛋白库UNIPROT, 结构库PDB, 功能分类 GO库,通路库 KEGG。不用专注于4这个数字。

网上的生物信息学资源都有哪些

Uniprot:全蛋白库。NCBI和EBI的蛋白库来源于此。目前包括两部分:SwissProt是人工校对过的,TrEMBL是自动校对的。Pfam:蛋白家族库。可以使用配套的HMMER进行搜索。比BLAST能找到更远缘的东西,而且找到的东西是结构域。

数据方面有 大量数据库,最著名的是NCBI、PDB等数据库,更多的都可以在网上找到,比如 生物信息(bioinformation)数据库大全里面有很多 算法方面:序列比对算法、基因注释算法、预测算法等,可以找自己注重的部分,有书有电子版。

EBI简介 EBI中的一些资源如表中所示:EBI-Ensembl:介于NCBI和UCSC之间的资源,整合很多物种的不同的资源。

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