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蛋白质序列数据库的数据库分类
1、一级核酸数据库、二级核酸数据库、蛋白质数据库一级蛋白质数据库三大类。具体如下：一级核酸数据库：存储的是通过各种科学手段得到的最直接的基础数据。如测序获得的核酸序列等。
2、PIR和PSDPIR国际蛋白质序列数据库(PSD)是由蛋白质信息资源(PIR)、慕尼黑蛋白质序列信息中心(MIPS)和日本国际蛋白质序列数据库(JIPID)共同维护的国际上最大的公共蛋白质序列数据库。
3、完整的GenBank数据库包括序列文件，索引文件以及其它有关文件。索引文件是根据数据库中作者、参考文献等建立的，用于数据库查询。GenPept是由GenBank中的核酸序列翻译而得到的蛋白质序列数据库，其数据格式为FastA。
4、以蛋白质序列数据库为基础构建的二次数据库有蛋白质功能位点数据库Prosite，蛋白质功能位点序列片段数据库Prints，同源蛋白家族数据库Pfam，同源蛋白结构域数据库Blocks。
5、UniProt数据库 蛋白组学常用数据库UniProt（全称UniProt Protein Resource），建立于1986年，由Swiss-Protein、TrEMBL、PIR-PSD三大蛋白质数据库联合成立的，其信息量丰富、资源广泛，是目前公认的首选免费蛋白质数据库。
高通量测序数据公共数据库有哪些(高通量测序常规)
1、dbEST数据库专门收集EST数据，该数据库有自己的格式，包括识别符、代码、序列数据以及dbEST的注释摘要，也按DNA的种类分成了若干子数据库。1998年5月8日版的dbEST共包括6_106条EST。
2、silva最好，其次greengene（很久没更新了），rdp官网也提供数据库；还有ncbi 提供了人工矫正过的16s database。
3、SrRNA序列数据库 NCBI的RDP（RibosomalDatabaseProject）和GenBank等数据库收集了大量的16SrRNA序列数据，并提供了分类鉴定和系统发育分析的工具和服务。
4、所以又被称为深度测序(deep sequencing)。高通量测序技术以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志，通过读取多个短DNA 片段，拼接成完整的序列信息。
5、高通量临床遗传数据包括测序技术，遗传病、肿瘤基因与病原微生物基因的检测。高通量测序是对传统测序一次革命性的改变，是基因检测比较前沿的领先技术。
6、illumina高通量测序介绍如下：原理 illumina的Hiseq2000和454都是通过单序列的扩增放大信号，只是Hiseq2000中间有桥式扩增，可以两头测序。
生物数据库可以分为哪几大类
1、按大小可以分为公共数据库 从公共数据库中取数据做进一步处理的专业数据库，提供更多的分析工具 按功能分可以有 基因库GENEBANK，蛋白库UNIPROT， 结构库PDB， 功能分类 GO库，通路库 KEGG。不用专注于4这个数字。
2、收集，维护，生物信息学数据库可以分为4大类：即基因组数据库、核酸和蛋白质一级结构数据库、生物大分子三维空间结构数据库。
3、按学科分类 （1）综合性检索系统：中国知网（CNKI）、万方数据、维普资源、国家图书文献中心（NSTL）、中国高等教育文献保障系统（CALIS）、中国科学引文数据库（CSCD）。
4、基因组数据库来自基因组作图，序列数据库来自序列测定，结构数据库来自X-衍射和核磁共振结构测定。这些数据库是分子生物信息学的基本数据资源，通常称为基本数据库，初始数据库，也称一次数据库。
5、数据库一般分为关系型数据库和非关系型数据库。关系型数据库系统的代表主要有Oracle、MySQL、SQLServer等。非关系型数据库包含Redis、MongoDB、Memcache等。
